کسی جز رسول خدا و امام علی علیه السلام و تعداد انگشت شماری از مسلمانان در مکه باقی نمانده بودند که سران قریش تصمیم نهایی را گرفتند. آنها در دارالندوه (مجلس شورای مکه) گرد آمدند و به پیشنهاد ابوجهل قرارشد از هر قبیله، جوانی شجاع انتخاب شود و همگی شبانه، دسته جمعی به خانه پیامبر هجوم ببرند و او را بکشند. این فکر به اتفاق آرا تصویب شد و قرار شد چون شب فرا برسد، آن افراد ماموریت خود را انجام دهند.در این هنگام جبرئیل فرمان هجرت به مدینه را از جانب خداوند به آن حضرت ابلاغ نمود. آن شب (شب پنج شنبه اول ماه ربیع الاول سال چهاردهم بعثت)، علی علیه السلام به جای پیامبر در بستر خوابید. (خداوند درباره همین شب «لیلة المبیت» و فداکاری امام علی آیه 207 سوره بقره را نازل کرده است). با ناکام ماندن نقشه قریش، پیامبر اکرم پس از سه روز توقف در غار ثور، به مدینه هجرت نمود. وی روز دوشنبه دوازدهم ربیع الاول، نزدیک ظهر وارد منطقه قبا واقع در 6 کیلومتری مدینه شد و در مدت توقف خود (که مدتش را از 3 تا 23 روز نقل کرده اند)، اولین مسجد اسلام «مسجد قبا» را بنا نهاد و پس از پیوستن علی علیه السلام و بعضی افراد خانواده اش وارد مدینه شد. سپسمسجدرسول خدا را بنا نهاد و پس از امضاء صلحنامه با یهودیان مدینه، بین مسلمانان، پیمان برادری منعقد نمود. در سال دوم هجرت قبله مسلمانان از مسجد الاقصی به کعبه تغییر یافت. در همین سال اولین نبرد مسلمانان با کفار به نام جنگ بدر اتفاق افتاد که با پیروزی قاطع مسلمانان پایان یافت. ازدواج امام علی علیه السلام با حضرت فاطمه، دختر پیامبر، از دیگر وقایع سال دوم هجرت است
